Die FASTA Dateiformat ist ein text- basiertes Format zur Nukleotid-und Peptid -Sequenzen mit Single- Buchstaben-Codes darstellen . Das Format mit dem FASTA Software -Paket, das an der Universität von Virginia entwickelt wurde entstand . Die FASTA -Format hat sich zu einem Standard auf dem Gebiet der Bioinformatik entwickelt. Es ist möglich, die FASTA Softwarepaket herunterzuladen und zu erstellen und vergleichen Sequenzen auf Ihrem eigenen Mac-Computer. Things You
FASTA ausführbares Programm für Mac OS X Terminal-Programm
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Laden Sie eine ausführbare FASTA für Mac OS X gebaut ( siehe Quelle 1) . Professor WR Pearson von der University of Virginia unterhält eine Website mit Source Code und Binary ausführbare Dateien für eine Reihe von Plattformen. Ab Februar 2012 ist die neueste Version von binären FASTA für Mac OS X fasta - 35.4.11.macosxuniv.tar.gz .
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Öffnen Sie ein Finder-Fenster und navigieren Sie mit der linken Seitenleiste auf Ihre Download -Ordner. Auf dem FASTA ausführbare binäre Datei, die Sie heruntergeladen Doppelklick . Dies wird dekomprimiert und dearchivieren das Paket einen Unterordner namens " fasta - 35.4.11 " in Ihrem Download-Ordner zu erstellen.
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Öffnen Sie ein Terminal-Fenster und Ihre Downloads Ordner zu navigieren von der Kommandozeile aus . Der Befehl im Terminal wird "cd Downloads " , wenn Sie die Standardeinstellungen des Systems verwenden . Von der Downloads-Ordner , geben Sie " cd fasta - 35.4.11 ", um den Ordner FASTA .
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Geben Sie den Befehl " bin/fasta35 -q seq/mgstm1.aa seq /prot_test . LSEG " in das Terminal-Fenster . Dies wird einen Test Suchsequenz gegen eine Test -Bibliothek. Wenn dieser Befehl ausgeführt wird richtig , sehen Sie eine Zusammenfassung der Scan-Zeiten und Reihenfolge Rückstände .
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Einen FASTA Datei mit einem beliebigen Text-Editor , wie z. B. die Anwendung TextEdit oder der vi-Befehl aus dem Terminal . Ein FASTA Datei ist eine einfache Textdatei. Die erste Zeile der Datei muss ein " > "-Zeichen durch eine Folge Kennung gefolgt . Ihre FASTA Datei sollte eine DNA-Sequenz auf den übrigen Linien .
