Ein 16-Bit-Dateisystem verwendet 16 Bit, um Informationen wie Größe und Speicherort von Dateien auf einer Festplatte darzustellen. Dies ermöglicht eine maximale Dateigröße von 2^16 Bytes oder 65.536 Bytes. 16-Bit-Dateisysteme waren in den frühen Tagen des persönlichen Computing üblich, wurden jedoch größtenteils durch 32-Bit- und 64-Bit-Dateisysteme ersetzt, die größere Größengrößen und andere Vorteile bieten.

FAT16 ist ein Beispiel für ein 16-Bit-Dateisystem. Fat16 wurde mit MS-DOS, dem Vorgänger von Microsoft Windows, eingeführt und später in frühen Windows-Versionen verwendet. Es ist weithin unterstützt und kann immer noch auf einigen Geräten wie Disketten und USB -Laufwerken in der Verwendung gefunden werden. Moderne Betriebssysteme wie Windows, Linux und MacOS verwenden jedoch in der Regel fortschrittlichere 32-Bit- oder 64-Bit-Dateisysteme wie NTFs, EXT4 und APFs, die eine größere Leistung, mehr Funktionen und große Dateigrößengrenzen bieten.