Supercomputer können für Multi-User-Zugriff konfiguriert werden, ist jedoch nicht ihrer Definition innewohnt. Viele Supercomputer werden von mehreren Forschern oder Teams verwendet, häufig über ein ausgeklügeltes Jobplanungssystem, mit dem viele Benutzer Aufgaben einreichen können, die dann parallel ausgeführt werden. Das System selbst ist jedoch möglicherweise nicht direkt interaktiv wie ein typischer Multi-User-Server, in dem Sie sich mit einer Desktop-Umgebung anmelden würden. Stattdessen interagieren Benutzer in der Regel indirekt, indem sie Jobs einreichen und dann die Ergebnisse überprüfen.