MicroATX erhöht nicht die Gesamtkosten eines Systems basierend auf der Anzahl der Erweiterungssteckplätze auf dem Motherboard. MicroATX-Motherboards verfügen im Vergleich zu ATX-Motherboards im Allgemeinen über weniger Erweiterungssteckplätze, was zu geringeren Kosten für das Motherboard selbst führen kann. Der Kostenunterschied ist jedoch normalerweise vernachlässigbar und hat keinen wesentlichen Einfluss auf die Gesamtsystemkosten. Die Gesamtkosten eines Systems hängen von verschiedenen Faktoren ab, wie zum Beispiel den gewählten Komponenten (z. B. CPU, GPU, Arbeitsspeicher, Speicher), der Gehäusegröße, der Stromversorgung sowie zusätzlichen Funktionen oder Zubehör.