Pro Tools verwendet hauptsächlich das Audio Interchange File Format (AIFF) für Audiodateien. AIFF ist ein verlustfreies Format, das heißt, es komprimiert die Audiodaten nicht, was zu einer hochwertigen Klangqualität führt. Aufgrund seiner Zuverlässigkeit, Kompatibilität und Fähigkeit, die ursprüngliche Audioqualität beizubehalten, wird es häufig in der professionellen Audioproduktion, einschließlich Pro Tools, verwendet.
Pro Tools unterstützt auch andere Dateiformate, wie WAV (Waveform Audio File Format), BWF (Broadcast WAV File Format), CAF (Core Audio Format), SDII (Sound Designer II), MP3 (MPEG-1 Audio Layer 3), und AAC (Advanced Audio Coding). Diese Formate unterscheiden sich hinsichtlich Komprimierung, Qualität und Kompatibilität mit verschiedenen Audiosoftwares und -geräten.
Abhängig von den spezifischen Projektanforderungen, wie Kompatibilität, Qualität und Dateigröße, können Benutzer beim Exportieren oder Importieren von Audiodateien in Pro Tools das geeignete Dateiformat auswählen.