PDB-Dateien speichern Daten zu den dreidimensionalen Strukturen von Proteinen, Nukleinsäuren und ihren Komplexen; Sie werden mittels Röntgenkristallographie oder NMR-Spektroskopie erzeugt.
Genauer gesagt ist die Proteindatenbank (PDB) ein Aufbewahrungsort für experimentell bestimmte Strukturen von Proteinen, Nukleinsäuren und anderen biologischen Makromolekülen. PDB-Dateien speichern die Atomkoordinaten und andere verwandte Daten dieser Moleküle und ermöglichen es Wissenschaftlern, ihre Strukturen zu visualisieren und zu analysieren sowie die Wechselwirkungen zwischen verschiedenen Molekülen zu untersuchen. PDB-Dateien werden häufig in der Strukturbiologie, der Arzneimittelentwicklung und anderen Forschungsbereichen verwendet.