Ein Vorteil eines physischen Ball-and-Stick-Modells gegenüber einem grafischen ist das verstärkte räumliche Verständnis und Manipulation
. Sie können das Modell physisch drehen und manipulieren, um das Molekül aus verschiedenen Perspektiven zu visualisieren und seine dreidimensionale Struktur und seine Beziehung zwischen Atomen besser zu verstehen. Dies ist mit statischen 2D -Darstellungen oder sogar mit interaktiven 3D -Modellen auf einem Bildschirm schwieriger zu erreichen, insbesondere für komplexe Moleküle.